科研步骤和技巧分享

---

## 自我介绍

- 浙江工商大学统计学（理学）博士生；

- 研究方向：可靠性统计、贝叶斯方法；

- 爱好：R 语言相关（**可视化**，**文档沟通**）；

]
  
  .pull-right[
    
<img src="figure/g1.jpg" width="80%" />

]

---

## 目录

#### 1.1 适合文献检索的网站

#### 1.2 持续跟踪最新工作

#### 1.3 适合查找代码的网站

### 2. 文献管理

]
  
  .pull-right[

### 3. 文献撰写

#### 3.1 LaTeX

#### 3.2 R Markdown

### 4. 绘图工具

#### 4.1 ggplot2 包入门教程

#### 4.2 科研绘图案例
  ]

- 主要参考：[适合研究生的科研步骤和技巧](https://mp.weixin.qq.com/s/0-LWAKsJv9Ue74YymHo_QQ)。

- 本文 HTML 可见：https://liangliangzhuang.github.io/Scientific-research/

---

# 文献检索

---

### 适合文献检索的网站
    
  1. [Connected Papers](https://www.connectedpapers.com/)，当你要细究一篇 paper 时，你可以通过这个网站找到这篇文章的整个历史脉络。[教程](https://mp.weixin.qq.com/s/LKWnfFEsT-O1g3bM6n-5cg)
  
  2. [Paper Digest](https://www.paperdigest.org/)，只需输入关键字，该网站则会自动搜索相关文献，并提炼文献的关键观点和重要结果。[教程](https://mp.weixin.qq.com/s/p6Lm8DLJtk2nySfv8qpdTQ)
  
  3. [Research Rabbit](https://www.researchrabbit.ai/) 使用 AI 查找相关研究文章。[教程](https://www.bilibili.com/video/BV1fR4y1x7W3/?buvid=ZE460DE977775296462882B2716AE233679F&from_spmid=dt.space-search.video.0&is_story_h5=false&mid=ctD%2Fg0XG3IJ3mR6wVl5fig%3D%3D&p=1&plat_id=114&share_from=ugc&share_medium=iphone&share_plat=ios&share_session_id=175A98C9-EC5F-4671-95EB-BA763D954D28&share_source=COPY&share_tag=s_i&spmid=united.player-video-detail.0.0&timestamp=1698912950&unique_k=JeraRfD&up_id=226576305)

---

### 持续跟踪最新工作

1.  [Google 学术](https://scholar.google.com/ "Google 学术")（[国内：谷粉学术](https://gfsoso.99lb.net/ "国内：谷粉学术")）、[Web of science](https://www.webofscience.com/wos/author/search "Web of science")、[Researchgate](https://www.researchgate.net/ "Researchgate") 等跟踪**学者**工作。
  
  2. [Inoreader](https://www.innoreader.com/starred)，[教程](https://mp.weixin.qq.com/s/MDwtTM10lugzF_6Q2KX-SQ)、[Researcher](https://www.researcher-app.com/) 跟踪**期刊**最新文章。

<br/>

.pull-left[
      ![关注某些大牛](figure/1.jpg)
    ]
  
  .pull-right[
    ![实时推送对方相关工作](figure/2.jpg)
  ]

---

### 适合查找代码的网站

1. [Papers with Code](https://paperswithcode.com/)，计算机类的 paper 和代码。[教程](https://mp.weixin.qq.com/s/ydmwgHoQeSnfJXA1aEihUQ)
 
  2. [Code Ocean](https://codeocean.com/) 是 Nature 推荐过的一个可重现性代码共享平台。
 
 <br/>
  .pull-left[
      ![](figure/3.jpg)
    ]
  
  .pull-right[
    ![](figure/4.jpg)
  ]

---

# 文献管理

---

## 文献管理
<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/8.jpg" alt="使用 Endnote 管理文献" width="70%" />
<p class="caption">使用 Endnote 管理文献</p>
</div>
    
> 相关推文：[文献与笔记管理](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247507967&idx=2&sn=ba8b4e884e52cd144f42d23a1c943f29&scene=21#wechat_redirect)、[自动导入文献](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247514385&idx=1&sn=d8426b65baa1dfa3588458ca18596a89&scene=21#wechat_redirect)、[批量导出 PDF](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247514445&idx=1&sn=8f5f052febf2a65f9a2a254b2dea8f19&scene=21#wechat_redirect)。

---

# 文献撰写

---

## 常用软件

- **LaTeX**：专业的排版系统，适合处理篇幅较长、结构严谨的文档，擅长处理公式。

- **R Markdown**：R 语言环境中提供的 **markdown** 编辑工具，*程序结果直接输出*。

- **共同优点**：无需操心文档的版面设计、很容易生成复杂的专业排版元素、开源。

- **共同缺点**： 入门门槛高；不容易排查错误；不容易定制样式。

.pull-left[
  
<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/9.jpg" alt="LaTeX" width="90%" />
<p class="caption">LaTeX</p>
</div>
    ]
  
  .pull-right[
    
<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/10.jpg" alt="R Markdown" width="90%" />
<p class="caption">R Markdown</p>
</div>

]

---

## LaTeX

- 文档类：article、report、book、proc、slides、minimal

- 正文内容：章节、目录、脚注、表格、图形、交叉引用。

<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/latex.jpg" alt="源代码结构" width="40%" />
<p class="caption">源代码结构</p>
</div>

<br/>
> 相关教程：1. [LaTeX入门教程书籍](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247506169&idx=1&sn=5672593d286379acd050575a74cff2b3&scene=21#wechat_redirect)、2. [多图排版笔记](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247505698&idx=1&sn=52bdfb019180d7b7c9d6a559447ffd71&scene=21#wechat_redirect)、3. [常用数学符号汇总](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247511519&idx=1&sn=0c552535b2e44b0e66578235b413349a&scene=21#wechat_redirect)、4. [课程论文模板](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247517425&idx=2&sn=23e8b142e08a7b8a3a55a88a5895aac2&scene=21#wechat_redirect)、5. [下载使用期刊的 LaTeX 模板](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247505453&idx=1&sn=16deb06f254d88e6e823782ce8ab12dd&scene=21#wechat_redirect)。

---

## R Markdown

---

## R Markdown

> 相关教程：[32 份文档沟通推文汇总](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247514178&idx=1&sn=51a585fe8818494979019a837ef50923&scene=21#wechat_redirect)[入门教程文字版本](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247493762&idx=1&sn=b70a531122d0ee57fda44f0fbc9c742d&scene=21#wechat_redirect)、Bookdown 中文书稿写作手册([（上）](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247497924&idx=1&sn=f55d05d91ab71b1a05769fc002aab692&scene=21#wechat_redirect), [（中）](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247498942&idx=1&sn=89ad5b8124f1a99f9942d4f945d52a5c&scene=21#wechat_redirect), [（下）](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247499154&idx=1&sn=d2e09db535b90f3cff84c67cf34751de&scene=21#wechat_redirect))。

---

# 绘图工具

---

## 常用绘图软件

- 软件：R （[ggplot2](https://ggplot2.tidyverse.org/ "ggplot2")）、Python（[matplotlib](https://matplotlib.org/)）、[matlab](https://ww2.mathworks.cn/help/matlab/creating_plots/types-of-matlab-plots.html)、[Visio](https://www.microsoft.com/zh-cn/microsoft-365/visio/flowchart-software "Visio")、[Origin](https://www.originlab.com/) 等。
- 网站：[Hiplot](https://hiplot.com.cn/)、[Echart](https://echarts.apache.org/examples/zh/index.html)（[教程](https://mp.weixin.qq.com/s/fkxS5ypsuXe41i-ysUtGnQ)）等。

.pull-left[
  
<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/333.jpg" alt="Echart" width="100%" />
<p class="caption">Echart</p>
</div>

]
  
  .pull-right[
    
<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/444.jpg" alt="Hiplot" width="100%" />
<p class="caption">Hiplot</p>
</div>

]

---

## ggplot2 包

- 2019 年因其在“**统计计算**、**可视化**、**图形和数据分析**方面的有影响力的工作”而被授予 [COPSS 总统奖](https://en.wikipedia.org/wiki/COPSS_Presidents%27_Award)。

<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/66.jpg" alt="Harley Wickham" width="55%" />
<p class="caption">Harley Wickham</p>
</div>

---

## ggplot2 包

- **目标**：提供一个全面、基于语法、连贯一致的图形生成系统。

- **核心理念**：将绘图与数据分离，按**图层**作图，常用符号 **“+”**。

-  9 个部分：**数据** (data) 、**映射** (mapping)、**几何对象**、统计变换 (stats)、标度 (scale)、坐标系 (coord)、分面 (facet)、主题 (theme) 和存储和输出 (output)。

---

### 简单案例

.pull-left[
  
<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/16.jpg" alt="散点图+拟合线" width="100%" />
<p class="caption">散点图+拟合线</p>
</div>
    ]
  
  .pull-right[
    
<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/17.jpg" alt="美化后的条形图" width="100%" />
<p class="caption">美化后的条形图</p>
</div>
  ]

- [常用 7 大类图形汇总](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247514010&idx=1&sn=9a230dfa326aa5fde7dac72f020e8137&scene=21#wechat_redirect)、[常用软件包](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247490661&idx=1&sn=10edad14326473d4274ebbb88ac43e61&scene=21#wechat_redirect)、[6 个 R 语言线上免费可视化资源](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247499161&idx=1&sn=5944db4a84878e29c75755b786bb59b9&scene=21#wechat_redirect)、[7 个在线 R 可视化资源](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1NjUwMjQxMQ==&mid=2247502900&idx=1&sn=4f391cc7adb63969bcffdf33cb8c3158&scene=21#wechat_redirect)。

---

### 高级绘图

<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/13.jpg" alt="源码：https://github.com/marco-meer/scifig_plot_examples_R" width="70%" />
<p class="caption">源码：https://github.com/marco-meer/scifig_plot_examples_R</p>
</div>

---

### 可用资源

> 推荐书籍： 《[ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis](https://ggplot2-book.org/)》、《[R for Data Science](https://r4ds.had.co.nz/)》、《[R语言教程](https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/ggplot2.html)》-李东风

<br/>

.pull-left[
  
<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/11.jpg" alt="视频教程" width="100%" />
<p class="caption">视频教程</p>
</div>
    ]
  
  .pull-right[
    
<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="figure/12.jpg" alt="案例分析：https://liangliangzhuang.github.io/R-tutorial/" width="100%" />
<p class="caption">案例分析：https://liangliangzhuang.github.io/R-tutorial/</p>
</div>
  ]

---

# 谢谢

本幻灯片由 R 包 [**xaringan**](https://github.com/yihui/xaringan) 生成。

<br/>

https://liangliangzhuang.github.io/Scientific-research/